Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) Universitas Pejuang Republik Indonesia (UPRI) resmi berdiri pada tahun 2023 berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Pejuang Republik Indonesia Nomor: 024/R-UPRI/III/2023 tentang Pendirian Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. Pendirian FMIPA sebagai bagian dari penguatan kelembagaan berbasis rumpun ilmu MIPA (Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam) di lingkungan Universitas. Hal ini merupakan langkah strategis yang diambil oleh Pemimpin Universitas dalam rangka memenuhi kebutuhan akan pendidikan tinggi yang berfokus pada sains murni, sains terapan, dan pengembangan riset berbasis ilmu matematika dan pengetahuan alam.
Sebelum FMIPA didirikan, program studi yang terkait dengan rumpun ilmu MIPA yaitu Pendidikan Biologi dan Pendidikan Matematika berada di bawah naungan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). Berdasarkan hasil evalusi kelembagaan dan kebutuhan akan penguatan riset dan inovasi dalam bidang sains, kedua program studi tersebut dialihkan ke FMIPA sebagai bagian dari restrukturisasi fakultas di UPRI.
Bersamaan dengan pendirian FMIPA, universitas juga membuka Program Studi Ilmu Aktuaria berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor: 458/E/O/2023 tentang izin Pembukaan Program Studi Ilmu Aktuaria Program Sarjana pada Universitas Pejuang Republik Indonesia di Kota Makassar. Program Studi ini secara khusus memfokuskan diri pada pendidikan dan riset di bidang pengelolaan risiko, asuransi, keuangan, dan analisis data kuantitatif berbasis model aktuaria. Dengan demikian, FMIPA memulai kiprahnya pada tahun 2023 dengan mengelola tiga program studi yaitu Pendidikan Matematika, Pendidikan Biologi, dan Ilmu Aktuaria.